網站的目錄是指建立網站時創建的目錄。例如：在用Frontpage建立網站時都預設建立了根目錄和Images子目錄。目錄的結構是一個容易忽略的問題，大多數站長都是未經規劃，隨意創建子目錄。目錄結構的好壞，對流覽者來說並沒有什麼太大的感覺，但是對於網站本身的維護，以後內容的擴充和移植有著重要的影響。所以建立目錄結構時也要仔細安排，比如：

　　●不要將所有檔都存放在根目錄下。有網站製作者為了方便，將所有檔都放在根目錄下。這樣就很容易造成：檔管理混亂，搞不清哪些檔需要編輯和更新，哪些無用的檔可以刪除，哪些是相關聯的檔，影響工作效率；上傳速度變慢，伺服器一般都會為根目錄建立一個檔索引，如果將所有檔都放在根目錄下，那麼即使只上傳更新一個檔，伺服器也需要將所有檔再檢索一遍，建立新的索引檔，很明顯，檔量越大，等待的時間也將越長。

　　●按欄目內容建立子目錄。子目錄的建立，首先按主欄目建立。友情連接內容較多，需要經常更新的可以建立獨立的子目錄。而一些相關性強，不需要經常更新的欄目，例如：網站簡介、站長情況等可以合併放在一個統一目錄下。所有程式一般都存放在特定目錄，例如：CGI程式放在cgi-bin目錄，所有提供下載的內容也最好放在一個目錄下，便於維護管理。